Os Programas de Pós-Graduação da Universidade Federal Rural de Pernambuco são regidos da mesma forma pelas Normas Gerais da Pós-Graduação. Administrativamente, todos os programas são compostos por Coordenação, Secretaria e Colegiado de Coordenação Didática (CCD) este último sendo um órgão colegiado formado apenas por docentes permanentes do Programa.
Atualmente o PPGBEA conta com:
Coordenação em 2025-2027
Coordenador: Prof. Paulo José Duarte Neto
Substituto Eventual: Prof. Frank Sinatra Gomes da Silva
Secretário: Marco Antônio Gomes dos Santos
Colegiado de Coordenação Didática
Presidente:
Professor Paulo José Duarte Neto
Frank Sinatra Gomes da Silva (vice-presidente)
Titulares:
Frank Sinatra Gomes da Silva
Marco Antônio Gomes dos Santos (representante dos técnicos administrativos)
Antonio Samuel Alves da Silva
Tiago Alessandro Espínola Ferreira
Guilherme Rocha Moreira
Josimar Mendes de Vasconcelos
José Antônio Aleixo da Silva
Viviane Moraes de Oliveira
Borko Stosic
Tatijana Stosic
Moacyr Cunha Filho
Suplentes
Wilson Rosa de Oliveira Junior
Rômulo Simões Cezar Menezes
Jáder da Silva Jale
Luiz Antonio Martinelli
Representante estudantil:
Wenderson Gomes Barbosa (Titular)
Walfrido Siqueira Campos Junior (Suplente)
Além desses, o programa tem várias outras comissão, como Comissão de Bolsas, Comissão de Avaliação Docente, Comissão de Internacionalização, etc. que são nomeadas pelo coordenador e aprovadas pelo Colegiado sempre que necessário.