Os Programas de Pós-Graduação da Universidade Federal Rural de Pernambuco são regidos da mesma forma pelas Normas Gerais da Pós-Graduação. Administrativamente, todos os programas são compostos por Coordenação, Secretaria e Colegiado de Coordenação Didática (CCD) este último sendo um órgão colegiado formado apenas por docentes peramentnes do Programa.
Atualmente o PPGBEA conta com:
Coordenação em 2024-2026
Coordenador: Prof. Paulo jose Duarte Neto
Substituto Eventual: Prof. Frank Sinatra Gomes da Silva
Secretário: Marco Antônio Gomes dos Santos
Colegiado de Coordenação Didática
Presidente:
Professor Paulo José Duarte Neto
Frank Sinatra Gomes da Silva (vice-presidente)
Titulares:
Professor Borko Stosic
Professor Guilherme Rocha Moreira
Professor José Antônio Aleixo da Silva
Professor Moacyr Cunha Filho
Professor Tatijana Stosic
Professor Tiago Alessandro Espínola Ferreira
Professor Viviane Moraes de Oliveira
Marco Antônio Gomes dos Santos (Representante dos técnicos administrativos)
Representante estudantil:
Wenderson Gomes Barbosa (Titular)
Walfrido Siqueira Campos Junior (Suplente)
Além desses, o programa tem várias outras comissão, como Comissão de Bolsas, Comissão de Avaliação Docente, Comissão de Internacionalização, etc. que são nomeadas pelo coordenador e aprovadas pelo Colegiado sempre que necessário.